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解释:B.1.617 变体和印度的 Covid-19 激增

基因组测序数据表明,马哈拉施特拉邦 61% 的样本中存在“双突变体”。但是,只有在获得更多数据之后,才能说这种新变种是否正在推动印度的持续激增。

医护人员在新德里的 Shehnai 宴会厅准备床位,该宴会厅已被改建为 Covid-9 患者的临时病房。 (速递照片:Amit Mehra)

在上周与马哈拉施特拉邦地区实验室的一次会议上,国家病毒学研究所 (NIV) 分享了有限的数据,显示今年 1 月至 3 月期间收集的 361 个基因组测序样本的分解。







标题发现来自 分析 :在 220 个样本中检测到双突变——几乎 61%。这种双重变体上​​周被归类为 B.1.617 变体。

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什么是 B.1.617?

SARS-CoV-2 的 B.1.617 变体携带两个突变,E484Q 和 L452R。两者都在许多其他冠状病毒变体中单独发现,但它们在印度首次被一起报道。

在病毒的刺突蛋白中发现了这两种突变。刺突蛋白帮助病毒将自身与人体细胞的受体结合并进入宿主细胞。



E484Q 突变与 E484K 相似,E484K 是一种在英国(B.1.1.7)和南非(B.1.351)冠状病毒变体中发现的突变。

L452R 突变已在加利福尼亚的快速传播变种中发现(B.1.427 和 B.1.429)。它可以增加刺突蛋白与人体细胞上的 ACE2 受体的结合力,使其更具传播性。 L452R 还可以潜在地增强病毒复制。



E484Q 和 L452R 一起更具传染性,可以逃避抗体。

B.1.617 在哪里找到的?

数据有限。它首先从马哈拉施特拉邦报道。 1月对19个各区样本进行测序,其中4个发现B.1.617。 2 月份,对来自 18 个地区的 234 个样本进行了测序,并且至少来自 16 个地区的 151 个样本具有这种变异。而在 3 月份,94 个样本中有多达 65 个样本含有它。



到目前为止,Amravati、Nagpur、Akola、Wardha、Pune、Thane、Aurangabad 和 Chandrapur 地区已经提供了 B.1.617 存在的有力证据。在其他地区测序的样本较少,并且在一些地区发现了变异。更多样本的测序正在等待中。

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这种变种是否更具毒性?

目前没有证据。大多数患者可以在家隔离,尽管临床经验需要与基因组测序数据相结合才能产生科学证据。医生的临床轶事表明,这种变异传播速度更快,传染性更强,可以感染整个家庭,但毒性较低,不会导致住院人数大幅增加。

大多数患者没有症状,这是一个很好的指征。但马哈拉施特拉邦 Covid 特别工作组的专家 Shashank Joshi 博士说,就绝对数量而言,如此多的病例给卫生基础设施带来了负担。



它传播了多少?

国家疾病控制中心 (NCDC) 主任 Sujeet Singh 博士指出,到目前为止,马哈拉施特拉邦的样本很少被测序,现在就双突变体的广泛性得出明确结论还为时过早。然而,中央政府在 3 月份报告说,马哈拉施特拉邦 15-20% 的样本有这种变异;根据最新的测序数据,我们知道这个数字现在已经超过 60%。

马哈拉施特拉邦的临床医生和地区行政人员报告说,与第一波不同的是,整个家庭都在第二波中受到感染。这可能表明家庭中的物理距离和隔离措施不足,或者病毒变得更容易传播。

B.1.617 是否会推动 Covid-19 案件的持续激增?

维洛尔基督教医学院微生物学教授 Gangandeep Kang 博士说,60.9% 的携带这种变异的样本很可能表明突变与激增之间存在联系——但是,要获得准确的答案,至少有 1% 的 Covid-19 样本必须每周排序。印度目前每天检测超过 10 万个病例,这将转化为每天大约 1,000 个基因组序列。

我们还需要查看一个人能够感染多少人,以及 RT-PCR 循环阈值。我们需要进行实时跟踪。康博士说,1 月份的数据在 4 月份几乎没有价值。

索内帕特阿育王大学和钦奈数学科学研究所教授 Gautam Menon 博士说:我们所掌握的信息具有启发性,但我们需要更多的基因组测序数据来了解哪个变异正在推动不同州的新感染数量……为了表明病例的增加是由于这种双突变变体,我们应该有更多的时间点。例如,如果我们可以说我们在 3 月 30 日在样本中检测到 30% 的这种变异,然后在 4 月 14 日在样本中检测到 40%,那就表明新变异正在主导疾病​​的传播。

Menon 博士也强调了提高数据透明度的必要性。他说,尽管越来越不可能,但这些病例也有可能与之前的毒株有关。除非我们知道增加在多大程度上可以归因于新变体,否则我们将无法最终确定旧菌株对 Covid 适当行为的放松是否推动了增加,或者新变体的传染性增加是否是原因。

CSIR -IGIB 首席科学家维诺德·斯卡里亚教授同意,我们不能得出结论说这些变异正在推动第二波的激增。然而,有证据表明,至少在某些州,B.1.1617 谱系占主导地位,并可能导致病例增加,他说。该谱系由 15 种遗传变异定义,其中包括 6 种刺突蛋白变异。 Scaria 教授说,其中两个(E484Q 和 L452R)与免疫逃逸以及传染性增加有关。

变种能逃避疫苗吗?

再次,数据有限。有些人确实在第一次注射后就被感染了,但没有关于他们的样本是否被送去进行基因组测序的数据。

我们知道,南非变种更有能力逃避免疫反应。我们知道英国变体是最容易传播的。但到目前为止,我们对 B.1.617 一无所知,因为我们没有将数据放在一起得出结论,康博士说。

Menon 博士强调,虽然疫苗不能预防感染,但它们肯定可以预防严重的疾病和死亡。我们预计即使使用新变体,这仍将是正确的。应对 Covid-19 的唯一中长期解决方案是让人们接种疫苗。

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